糸満もずくでは、もずくの品質基準で現在の所、天然物・養殖（又は栽培）物、どちらが品質的に良いか、また、値打ちがあるかどうか決めていません。基本的に同等と位置づけです。
その理由として、もずくの育つ自然環境が同じだからです。違いは、そこに人の手が入るかどうかです。
自然環境とは、もずくが育つ海域（サンゴ礁内の２ｍ～８ｍの深さの海、礁池・方言でイノー）が天然物も栽培物も同じです。最近では、栽培もずくから菌種が近くの海域に広がり、それが好天候に恵まれ成育して、天然物として収穫されています。どちらも同一海域で成育し、天候（台風やシケ）によって豊作になったり、不作になったりします。
2つ目の理由として、国の基準では一般的養殖の定義として、人工的にエサ・栄養分・薬等を追加したり、温度や日射量を調整して生産した物をいいます。しかし、もずくは栽培網に人工的に種付をして海に入れる以外は、殆んど自然まかせです。養殖物の定義となるエサや栄養分・薬剤の添加は一切なく、自然のままに生育します。
国の見解としては、沖縄もずくは天然物でもないが、養殖物でもないと答えています。あいまいな表現ですが、結論から云えば、もずくに関して品質面ではほぼ同等であると解釈しています